- Раководи со секторот и ја организира, насочува и координира работата на секторот; врши непосредно контрола и надзор над извршувањето на работите во секторот, ги распоредува задачите и работите на раководителите на Одделенијето за заштита на природното наследство и НАТУРА 2000, Одделението за биодиверзитет и ГМО и Одделението за заштита и управување со заштитени подрачја и гео-диверзитет, како и на стручните државни службеници;
- Им дава упатства за работа и потребна стручна помош во работата и вршењето на најсложените работи и задачи и го следи текот на извршувањето на работите.
- Соработува со државни органи (министерства, локални самоуправи, агенции, јавни претпријатиија и др.) субјекти за управување со заштитени подрачја, научни и стручни институции и невладините организации за прашања поврзани со заштита на природа.
- Соработува со меѓународни организации за заштита на природата. Соработува со меѓународни организации и агенции (UNEP, SDC, IUCN, WWF, и др.).
Спроведува заштита на природата преку заштита на биолошката и пределската разновидност и заштита на природното наследство во заштитени подрачја и надвор од заштитени подрачја, како и заштита на природните реткости
Според постоечката систематизација на МЖСПП е составен од Одделението за заштита на природното наследство и Натура 2000, Одделение за биодиверзитет и генетски модифицирани организми и Одделение за уредување на просторот во заштитени подрачја и геодиверзитет
Секторот природа спроведува активности за заштита на природата преку:
- валоризација на природните вредности и ревалоризација на заштитени подрачја,
- прогласување на заштитени подрачја и природни реткости,
- мониторинг на состојбата со природата, односно мониторинг на живеалишта и видови од национално и Европско значење и мониторинг на објекти на геодиверзитетот
- идентификација на потенцијални подрачја на национално ниво за идната Европската еколошка мрежа Натура 2000
- изработка на Црвени листи за одделни таксономнски групи растенија, животни и габи
- воспоставување и развој на концептот за екосистемски услуги
- развој на концептот за решенија засновани на природата
- врши стручен надзор на спроведувањето на планови за управување со заштитените подрачја,
Во рамки на управна постапка Сектор природа ги спроведува следните активности:
- врши ажурирање на националната легислатива за заштита на природата (Закон за заштита на природа и подзакконски акти)
- издава согласност на планови за управување со заштитени подрачја и на годишни програми за заштита на природата на заштитените подрачја
- издава дозволи за научно истражување во природата
- издава дозволи за собирање на засегнати и заштитени диви видови растенија, габи и животни
- издава ЦИТЕС дозволи за регулирање на меѓународна трговија со загрозени диви растителни и животински видови, нивни делови и деривати.
- изготвува стручни мислења во постапка на донесување на планска документација за уредување на просторот во заштитени подрачја
- издава мислења за податоци и инфорамции за проекти и активности во природата
- изготвува мислења за Владини седници по однос на закони, подзаконски акти и информации од други државни институции